Projekte in den Förderprogrammen des BMEL, betreut durch den Projektträger BLE (PT BLE)
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| Titel: | Diagnose von Viren und virusähnlichen Schaderregern mittels Hochdurchsatzsequenzierungen (NGSdetect) |
|---|---|
| Akronym: | NGSdetect |
| Beschreibung (dt.): | Ziel dieses Projektes ist die Entwicklung und Validierung eines methodischen Gesamtkonzeptes zur Detektion und Charakterisierung von Pflanzenviren und virusähnlichen Schaderregern an Leguminosen und Gemüse durch NGS Technologien. Dieses umfasst die Probenentnahme und –aufbereitung sowie die Vorbereitung für Hochdurchsatzsequenzierung sowie die Entwicklung einer bioinformatischen Pipeline zur Datenauswertung. Teilaspekt 1: Entwicklung und Validierung von Abläufplänen von Probenaufbereitung bis einschließlich Datenanalyse. Dabei Optimierung und Vergleich verschiedener Nukleinsäureaufbereitungsmethoden aus verschiedenen pflanzlichen Matrizen (dsRNA Extraktion, dsRNA Anreicherung mittels dsRNA-spezifischer Antikörper, siRNA Extraktion, Sequenzierung nach Rolling Circle Amplification (RCA) viraler DNA). Desweiteren Vergleich in-house Libraryerstellung vs. Erstellung der Library durch kommerzielle Sequenzierfirmen. Sequenzierungsarbeiten durch kommerzielle Anbieter. Adaption einer bioinformatischen Pipeline an die am JKI genutzte Analyseplattform (Galaxy) zur Auswertung der Sequenzierdaten. Teilaspekt 2: Validierung der entwickelten Protokolle durch Laborvergleichsuntersuchungen. Veröffentlichung der erzielten Sequenzierergebnisse in Fachpublikationen bzw. Hinterlegung in öffentlichen Referenz-Datenbanken. Teilaspekt 3: Untersuchung von nicht-charakterisierten Pflanzenproben aus der JKI-Virussammlung (Virothek) und Probeneinsendungen von Kooperationspartnern sowie Proben von kommerziellen Anbauern und Feldversuchen mit unbekanntem Virusstatus. |
| Beschreibung (engl.): | Aim of this project is the development and validation of a holistic concept for the detection and characterisation of plant viruses and virus-like organisms infecting legumes and vegetables using NGS technologies. This includes sampling, sample preparation for NGS as well as development of a bioinformatic pipeline for data analysis. Package 1: Development and validation of a common pipeline from sample preparation to data analysis. Optimisation and validation of different nucleic acid extraction methods from different source material (dsRNA extraction, dsRNA enrichment using specific antibodies, siRNA extraction, rolling circle amplification of DNA). Comparison of in-house vs. commercial library preparation for NGS. NGS carried out by commercial suppliers. Adaptation of a bioinformatic pipeline to software package used at JKI (Galaxy). Package 2: Validation of protocols through laboratory comparison studies. Publication of results in scientific publications and deposit of sequences in reference databases. Package 3: Analysis of uncharacterised plant samples from JKI virus collection (Virothek) as well as samples derived from collaboration partners as well as samples from commercial production sites and trial stations. |
| Laufzeit: | Beginn: 01.07.2016 / Ende: 31.01.2019 |
| Ausf. Einrichtung: | Julius Kühn-Institut Bundesforschungsinstitut für Kulturpflanzen (JKI) - Institut für Epidemiologie und Pathogendiagnostik Braunschweig, Braunschweig |
| Themenfelder: | Pflanzenschutz, Pflanzengesundheit, crop protection, plant health |
| Förderprogramme: | EU-Forschung |
| Schlagworte: | Pflanzenschutz, Pflanzengesundheit, crop protection, plant health, Erbse, pea, Kartoffel, potato, weitere Hülsenfrüchtler, other legumes, Pflanzenkrankheiten (Viren, Bakt., Pilze, Phytoplasmen), plant diseases (virusus, bacteria, fungi, phytoplasma) |
| Stichpunkte: | EUPHRESCO-II (2. Call) |
| Förderkennzeichen: | 2815ERA02K |
| Dokument zum Download: | Kein Dokument vorhanden! |
Kontakt: |
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