Projekte in den Förderprogrammen des BMEL, betreut durch den Projektträger BLE (PT BLE)
Ergebnis der Suche
| Titel: | 'Optimierte Verfahren des Next-Generation Sequencing bei Zoonoseerregern (ZooSeq)' im Rahmen des Forschungsnetzes zoonotische Infektionskrankheiten |
|---|---|
| Titel (englisch): | 'Improvement of next-generation sequencing methods for the detection of zoonotic pathogens (ZooSeq)' |
| Akronym: | ZooSeq |
| Beschreibung (dt.): | Das Vorhaben ist Teil eines übergeordneten Verbundes 'Vernetzungsprojekt: Optimierte Verfah-ren des Next-Generation Sequenzing bei Zoonoseerregern', wobei die Förderung der Verbund-partner über die zuständigen Ministerien verläuft. Die Koordination erfolgt über Herrn Prof. Dros-ten (Charité Berlin). Übergeordnetes Ziel des Verbundes ist es, die Erfahrungen und erarbeiten Methodiken auf dem Gebiet der NGS-Technologien zu bündeln, um methodischen und technologischen Fortschritt auf diesem Gebiet erreichen zu können. So sollen Protokolle und Workflows optimiert und modernste Verfahren etabliert werden, indem gezielt die in der Wissenschaftswelt existierenden Kompetenzen und Expertisen zusammengeführt werden. |
| Beschreibung (engl.): | The overall goal of the application is to cross-link projects supported by the 'Forschungsnetz Zoonosen' to reach technological and methodological efforts based on the various experiences existing for the NGS technology. Guiding premise is the cross-sectional character for bacteriology and virology as well as the use of innovative sequencing and analyses approaches, which serve an improvement within the zoonosis network. The application is based on the outcome of an expert workshop. The project serves the establishment of modern and efficient workflows based on the NGS-experienced applicants‘ competence and expertise. Samples or questions from zoonosis projects might be implemented for validation purposes. All zoonosis projects can then use the optimised sequencing options (SOPs, technologies, pipelines) in order to accelerate NGS-based research and diagnostics within the 'Forschungsnetz Zoonosen'. |
| Ergebnis (dt.): | Ein zentrales Ergebnis war die Entwicklung umfassender Sonden-Panels zur gezielten Anreicherung der Nukleinsäuren viraler Erreger („VirBaits“ und „VirBaits 2.0 One Health“), welche angewendet werden können, wenn der ungezielte Metagenom-Ansatz keine ausreichende Erregercharakterisierung zulässt und erhöhte Sensitivitäten notwendig sind. Zudem wurden spezifische Sonden-Panels für einzelne bekannte aber auch neu entdeckte Viren etabliert (z.B. Rustrela Virus). Hinsichtlich der Depletion von Wirtsnukleinsäuren zur besseren Detektion unbekannter viraler Erreger wurden Vergleiche mit kommerziellen Kits durchgeführt, mit denen spezifisch Nukleinsäuren bestimmter Wirte (z.B. Mensch-Maus-Ratte) reduziert werden können. Zudem wurde ein universelles Protokoll etabliert, welches für eine Wirts-unabhängige Depletion, und damit eine breitere Anwendung eingesetzt werden kann. Bezüglich der optimierten Nukleinsäure-Extraktion von Formalin-fixiertem und Paraffin-eingebettetem Material wurden wichtige Grundlagen erarbeitet, ein optimiertes Protokoll etabliert und weiter getestet. Hervorzuheben ist weiterhin die Arbeit an einem Protokoll zur Nukleinsäure-Extraktion aus sehr fetthaltigen Materialien (z.B. Gehirn, ggf. Lebensmitteln) das jetzt zur Verfügung steht. Dieses erlaubt insbesondere eine optimierte Bearbeitung von Enzephalitis-Proben im Rahmen von Metagenomanalysen zur Detektion bisher unbekannter Erreger. Alle Protokolle und Publikationen werden über die Projekt-Netzwerk-Webseite (https://www.zoonosen.net/forschungsnetz/vernetzungsprojekte) zur Verfügung gestellt. Im Rahmen aller Arbeitspakete wurden Unterstützungsleistungen zur genetischen Analyse von SARS-CoV-2 und damit zur deutschlandweiten Überwachung, Erforschung und Bereitstellung von SARS-CoV-2 Genomen beigetragen. |
| Ergebnis (engl.): | A key outcome has been the development of comprehensive probe panels for the targeted enrichment of viral pathogen nucleic acids ("VirBaits" and "VirBaits 2.0 One Health"), which can be used when the untargeted metagenomic approach does not allow sufficient pathogen characterisation and increased sensitivity is required. In addition, specific probe panels have been established for individual known viruses as well as newly discovered viruses (e.g. Rustrela virus). Regarding the depletion of host nucleic acids to improve the detection of unknown viral pathogens, comparisons were also made with commercial kits that can specifically reduce nucleic acids from specific hosts (e.g. human-mouse-rat). In addition, a universal protocol was established that can be used for host-independent depletion, thus enabling wider application. With regard to optimised nucleic acid extraction from Formalin-fixed Paraffin-embedded material, important basic principles were developed and an optimised protocol was established and further tested. The work on a protocol for nucleic acid extraction from very fatty materials (e.g. brain, food samples), which is now available, should also be emphasised. In particular, this will allow optimised processing of encephalitis samples as part of metagenomic analyses to detect previously unknown pathogens. All protocols and publications will be made available on the project network website (https://www.zoonosen.net/forschungsnetz/vernetzungsprojekte). All work packages provided support services for the genetic analysis of SARS-CoV-2 and thus contributed to the nationwide monitoring, research and provision of SARS-CoV-2 genomes. |
| Laufzeit: | Beginn: 01.12.2019 / Ende: 30.11.2022 |
| Ausf. Einrichtung: | Friedrich-Loeffler-Institut Bundesforschungsinstitut für Tiergesundheit, Greifswald |
| Themenfelder: | Tiergesundheit, animal health |
| Förderprogramme: | Programm zur Innovationsförderung des Bundesministeriums für Ernährung und Landwirtschaft |
| Schlagworte: | Wissenstransfer / Vernetzung, knowledge transfer, networking, Prävention, Prevention, Diagnostik, diagnostics, Mikroorganismen, microorganisms, Tierart übergreifend, animal species comprehensive, Zoonosen, zoonosis |
| Förderkennzeichen: | 2819114019 |
| Dokument zum Download: | Kein Dokument vorhanden! |
Kontakt: |
Benutzen Sie unser Kontaktformular
oder E-Mail an bunth@ble.de |
Erweiterte Suche
Hier gibt es die Möglichkeit, nach Stichworten, Themenfeldern, Projektstatus, Förderprogrammen, Laufzeiten und Einrichtungen zu suchen:
