Forschungsprojekte des Projektträgers der BLE
| Titel: | Detaillierte Untersuchungen der Sauerkirschensorten der Deutschen Genbank Obst mittels Genotyping-by-Sequencing (GBS) |
|---|---|
| Beschreibung (dt.): | 150 Sauerkirschengenotypen der Deutschen Genbank Obst sollen mittels Genotyping-by-Sequencing (GBS) molekulargenetisch charakterisiert werden. Hierzu sind die genomische DNA aller Genotypen zu isolieren und robuste und informative SNPs (englisch: SNP-Calling) zu identifizieren. Anschließend an die Genotypisierung sind mittels eines Abgleiches der untersuchten Genotypen Duplikate zu identifizieren. Damit soll eine effektive Erhaltung von exakt definiertem genetischen Material gewährleistet werden. |
| Ergebnis (dt.): | Durch die Bereitstellung von Referenzmaterial des Julius Kühn-Instituts, Institut für Züchtungsforschung an Obst in Dresden, konnten die Sequenzdaten von 146 der 150 Sauerkirschen-Blattproben dem Prunus avium- bzw. dem Prunus fruticosa-Subgenom zugeordnet werden. Drei Proben haben bei der Library-Herstellung nicht funktioniert, eine hat nur sehr wenige Sequenzdaten generiert. Mit der gewählten Parametrisierung für die STACKS-Analysen wurden 135.125 SNPs auf dem Prunus avium- und 105.494 SNPs auf dem Prunus fruticosa-Subgenom detektiert. Für die weitere Analyse wurden 1.189 SNPs auf dem Prunus avium- und 630 SNPs auf dem Prunus fruticosa-Subgenom herausgefiltert, die auf den 16 Chromosomen der beiden Subgenome mit großer Wahrscheinlichkeit zu detektieren waren. Beide Datensätze wurden einzeln und kombiniert analysiert. Basierend auf den paarweisen Distanzen der SNP-Daten wurden mittels Clusteranalysen Gengruppen definiert. Bei der Definition der Gengruppen auf Basis einer minimalen Distanz der Grenzen von 5 % in der Clusteranalyse konnten insgesamt 86 Gengruppen ermittelt werden. Dabei zeigte sich eine gute Übereinstimmung zwischen den beiden Subgenomen. Beim Vergleich der Gengruppen mit den Sortennamen traten einige wenige Unstimmigkeiten auf, die möglicherweise auf Verwechslungen bei der Probenentnahme zurückzuführen sind bzw. eine noch stringentere Definition der Gengruppen erfordern, um einzelne pomologisch bestimmte Sorten auch molekulargenetisch voneinander abgrenzen zu können. Für eine routinemässige Überprüfung von Sauerkirschen-Proben eignet sich der GBS-Ansatz alleine noch nicht. Die vorliegenden Analysedaten müssen nun mit den pomologischen Daten abgeglichen werden, um Kriterien herauszufinden, mit welchen Gengruppen eindeutig definiert werden können. Erst nach diesen weiteren Arbeiten kann der definitive Nutzen des GBS-Datensatzes eingeschätzt werden. |
| Laufzeit: | Beginn: 04.11.2021 / Ende: 03.11.2022 |
| Ausf. Einrichtung: | Microsynth ecogenics GmbH, Balgach |
| Themenfelder: | Biologische Vielfalt, biological diversity |
| Förderprogramme: | Erhebungen |
| Schlagworte: | Pflanzenbau, crop production, Ressourcenschutz, Ressourceneffizienz, resource protection, resource efficiency, Gartenbau, horticulture, Obstbau, fruit production, Genetische Ressourcen, genetic resources, Steinobst, stone fruit, Evaluation, evaluation, Pflanzengenetische Ressourcen, plant genetic resources, Saat- und Pflanzgut, seed and planting material |
| Förderkennzeichen: | 2821BE002 |
| Dokument zum Download: | 2821BE002 Abschlussbericht.pdf (1 MB) |
Kontakt: |
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