Projekte in den Förderprogrammen des BMEL, betreut durch den Projektträger BLE (PT BLE)
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| Titel: | Zweite molekulargenetische Charakterisierung von Süßkirschengenotypen der Deutschen Genbank Obst mittels eines hochauflösenden SNP Marker Arrays |
|---|---|
| Beschreibung (dt.): | 184 Süßkirschenkirschengenotypen der Deutschen Genbank Obst (DGO) sollen mittels des hochauflösenden Infinium RosBREED Cherry_V2 Genotyping Arrays molekulargenetisch charakterisiert werden, wozu auch die dafür notwendige Isolierung der genomischen DNA aller 184 Genotypen aus Blattproben durchzuführen ist. Auch sind mögliche Duplikate zu identifizieren. |
| Ergebnis (dt.): | In dem hochauflösenden RosBREED Cherry_V2 Genotyping Array konnten bei der Untersuchung der Blattproben von 184 Süßkirschengenotypen 6.356 polymorphe SNP-Marker zur Charakterisierung identifiziert werden. Für die Auswertung wurden auch Marker mit geringer Minor Allele Frequency (MAF) hinzugezogen, um eine möglichst feine Unterscheidung der Genotypen zu ermöglichen. Die Duplikat-Analyse wurde mit einem eigens bei SGS IF-TraitGenetics für Haplotypen- und Fingerprintanalyse entwickelten Skript durchgeführt. Für die Identifizierung der Duplikate wurde sowohl der Datensatz aus dem Vorgängerprojekt mit dem Förderkennzeichen 2819BE001 als auch der aktuell erstellte Datensatz verwendet. Das Ergebnis führte zu einer Reduktion der untersuchten 536 Süßkirschengenotypen auf 347 eindeutig unterscheidbare Akzessionen. Somit wurden 189 der genetisch charakterisierten Bäume als Duplikate identifiziert. Am häufigsten war der Genotyp der ‚Büttners Roten Knorpelkirsche‘ mit 23 Exemplaren vertreten. Die im Kontext dieser Studie gewonnenen und bei der Koordinationsstelle der Deutschen Genbank Obst hinterlegten Daten stellen eine geeignete Referenzdatenbank dar, um zukünftig Echtheitsüberprüfungen bei Süßkirschenakzessionen durchführen zu können. |
| Laufzeit: | Beginn: 20.07.2021 / Ende: 19.04.2022 |
| Ausf. Einrichtung: | SGS INSTITUT FRESENIUS GmbH - TraitGenetics Section, Gatersleben |
| Themenfelder: | Biologische Vielfalt, biological diversity |
| Förderprogramme: | Erhebungen |
| Schlagworte: | Pflanzenbau, crop production, Ressourcenschutz, Ressourceneffizienz, resource protection, resource efficiency, Gartenbau, horticulture, Obstbau, fruit production, Genetische Ressourcen, genetic resources, Steinobst, stone fruit, Evaluation, evaluation, Pflanzengenetische Ressourcen, plant genetic resources, Saat- und Pflanzgut, seed and planting material |
| Förderkennzeichen: | 2821BE001 |
| Dokument zum Download: | 2821BE001_Abschlussbericht.pdf (315,9 KB) |
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